摘要: 1、 基因ID转换工具 https://hum-molgen.org/NewsGen/08-2009/000020.html 2、 the known binding sites of all TFs R 包 MotifDb: https://github.com/PriceLab/MotifDb 阅读全文
posted @ 2021-06-14 13:51 橙子牛奶糖 阅读(777) 评论(2) 推荐(1) 编辑
摘要: 这些年,陆陆续续收到不少小伙伴问我怎么在文章中致谢我,给个统一模板: We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX XXX 部分请自由发挥。 阅读全文
posted @ 2021-06-03 21:54 橙子牛奶糖 阅读(327) 评论(0) 推荐(2) 编辑
摘要: 1. 人类基因组转录起始位点 TSS http://reftss.clst.riken.jp/datafiles/current/human/refTSS_v3.1_human_coordinate.hg38.bed.gz http://reftss.clst.riken.jp/datafiles/ 阅读全文
posted @ 2021-06-02 22:53 橙子牛奶糖 阅读(548) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 时隔一年多,于今日(20210313)再次更新教程,后续如果新出教程的话会一直更新。 同时感谢多年陪伴我成长、一直默默关注我的**「你们」**~ by 「橙子牛奶糖(陈文燕)」 1.前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程 阅读全文
posted @ 2019-11-06 09:49 橙子牛奶糖 阅读(12351) 评论(6) 推荐(8) 编辑
摘要: 1、列表包括数据库名称、表型、是否能下载到基因型(genotype)、是否能下载到GWAS结果文件(P值、效应值、SNP位点)。目前收集到的有如下: 参考到这些数据库的文献:Genome-wide association study identifies 74 loci associated wit 阅读全文
posted @ 2018-04-28 20:03 橙子牛奶糖 阅读(11590) 评论(0) 推荐(2) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220423 一、精细解读文献 一 文献题目: Nonlinear control of transcription through enhancer–promoter interactions 不想看英文题目: 增强子-启动子相互作用的非线性转录调控 杂志和影响因子: Natu 阅读全文
posted @ 2022-04-23 22:46 橙子牛奶糖 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示: 阅读全文
posted @ 2022-04-21 15:03 橙子牛奶糖 阅读(28) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: # source activate perl cpanm Math::GSL::SF --force 阅读全文
posted @ 2022-04-20 10:38 橙子牛奶糖 阅读(6) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 解决办法:conda install gxx_linux-64 阅读全文
posted @ 2022-04-20 09:54 橙子牛奶糖 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 生成数据: library(dplyr) set.seed(1) df <- expand.grid(list(A = 1:5, B = 1:5, C = 1:5)) df$value <- runif(nrow(df)) 情况 1:group_by + summarise df %>% group 阅读全文
posted @ 2022-04-19 11:02 橙子牛奶糖 阅读(17) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220410 一、精细解读文献 一 文献题目: Mapping genomic loci implicates genes and synaptic biology in schizophrenia 不想看英文题目: 解析精神分裂症的易感基因和突触生物学 杂志和影响因子: Nat 阅读全文
posted @ 2022-04-10 23:05 橙子牛奶糖 阅读(38) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 跑命令fastqtl2mash-docker sos run /path/fastqtl_to_mash.ipynb --data_list /path/FastQTLSumStats.list --gene_list /path/mashr/GTEx_genes.txt --cols 3 4 5 阅读全文
posted @ 2022-04-06 15:08 橙子牛奶糖 阅读(20) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 如下图所示: 第一列和第二列在好多行中重复了,现只想保留非重复的行:达到以下目的: 则可以使用以下命令: sort test -k 1,2 | awk '!i[$1,$2]++' > test1 阅读全文
posted @ 2022-03-31 18:20 橙子牛奶糖 阅读(38) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220327 一、精细解读文献 一 文献题目: Genetic regulation of post-translational modification of two distinct proteins 不想看英文题目: 两种不同蛋白质翻译后修饰的遗传调控模式 杂志和影响因子: 阅读全文
posted @ 2022-03-27 16:21 橙子牛奶糖 阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220320 一、精细解读文献 一 文献题目: Genetic associations at regulatory phenotypes improve fine-mapping of causal variants for 12 immune-mediated disease 阅读全文
posted @ 2022-03-20 19:05 橙子牛奶糖 阅读(85) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220313 一、精细解读文献 一 文献题目: Prediction of histone post-translational modification patterns based on nascent transcription data 不想看英文题目: 基于新生转录数据 阅读全文
posted @ 2022-03-13 13:09 橙子牛奶糖 阅读(52) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220306 一、精细解读文献 一 文献题目: Genome-wide analysis provides genetic evidence that ACE2 influences COVID-19 risk and yields risk scores associated 阅读全文
posted @ 2022-03-06 20:10 橙子牛奶糖 阅读(105) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220226 一、精细解读文献 一 文献题目: Genetic associations of protein-coding variants in human disease 不想看英文题目: 人类疾病中蛋白质编码变异位点的遗传关联 杂志和影响因子: Nature (IF: 4 阅读全文
posted @ 2022-02-27 18:20 橙子牛奶糖 阅读(108) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 最近做定量表达,使用了命令如下: bedtools coverage -a all.bed -b file.sort.bam > file.coverage.txt 使用以上命令正常定量,但更多时候会出现Bus error或者Killed的报错;能不能正常运行,很大程度上取决于系统的资源。 后来,经 阅读全文
posted @ 2022-02-14 21:12 橙子牛奶糖 阅读(157) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: Stat score statistics Var estimated variances of the score statistics se sqrt(Var) 阅读全文
posted @ 2022-02-06 22:57 橙子牛奶糖 阅读(20) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220123 一、精细解读文献 一 文献题目: Multi-ancestry eQTL meta-analysis of human brain identifies candidate causal variants for brain-related traits 不想看英文 阅读全文
posted @ 2022-01-23 15:50 橙子牛奶糖 阅读(80) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 运行 R 代码时 figa1= figa %>% group_by(ind) %>% summarize(sum = sum(count)) 提示报错信息: Error: Problem with summarise() column sum. i sum = sum(count). x inval 阅读全文
posted @ 2022-01-19 15:54 橙子牛奶糖 阅读(394) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220116 一、精细解读文献 一 文献题目: Mendelian randomization analyses support causal relationships between blood metabolites and the gut microbiome 不想看英文 阅读全文
posted @ 2022-01-16 23:24 橙子牛奶糖 阅读(91) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 给大家安利一款软件FORGE2,全称 Functional element Overlap analysis of the Results of GWAS Experiments version 2。简单来说,就是通过对 GWAS 信号位点和基因组功能调控元件进行富集,找到 GWAS 特异的细胞类型 阅读全文
posted @ 2022-01-15 16:57 橙子牛奶糖 阅读(163) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 需求:提取 1 号染色体的 21856782-21856982 和 43942666-43942866 区间的 fa 序列; 需要准备的test.gff3文件如下所示,第一列是染色体号,第二列和第三列的内容随意,第四列和第五列是提取的开始位置和终止位置,第六列和第八列内容随意,第七列是基因组的正负链 阅读全文
posted @ 2022-01-10 16:03 橙子牛奶糖 阅读(200) 评论(0) 推荐(1) 编辑